1993 : Un jour dans notre vie
Un nouvel album intitulé Un jour dans notre vie, sort en 1993. Il est boycotté par les radios et les médias qui considèrent désormais Indochine comme un groupe du passé, à l'époque où dominent le grunge et la techno. Cet album ne remporte pas le succès escompté (environ 100 000 exemplaires vendus en France) alors que paradoxalement il est le plus abouti et contient certaines des meilleures compositions de Dominique Nicolas. Une tournée suit en 1994 au cours de laquelle Indochine se produit sur la grand-place de Spa (Belgique) lors des Francofolies. Un live y est enregistré et sort sous le nom de Radio Indochine à la fin de l'année. Le public est toujours là, moins nombreux mais fidèle. Une nouvelle génération de fans commence à s'intéresser au groupe malgré sa sous-médiatisation.
En 1995, nouvelle rupture : Dominique Nicolas, principal compositeur des plus grands tubes d'Indochine, décide de quitter le groupe. Il ne supporte plus, en particulier, l'ignorance que subit Indochine de la part des médias. Les deux frères Sirkis se retrouvent seuls. Un grand nombre de fans se font entendre et assurent leur soutien au duo. Ils décident de relever le défi et ils partent à la recherche d'un nouveau guitariste qu'ils trouveront en la personne de Alexandre Azaria.
Un best-of intitulé Unita est commercialisé en 1996. Il réunit dix-sept chansons dont une inédite issue du futur album à paraître, Kissing my song. Il s'écoule en France à près de 200 000 exemplaires et prouve à leur maison de disque que le groupe est toujours présent sur le devant de la scène. Un deuxième best-of est commercialisé en même temps, Les Versions Longues, qui comprend les versions des singles sortis entre 1984 et 1991 sur support maxi 45 tours ou maxi CD single.
1996 : Wax
La sortie du nouvel album studio Wax, en 1996, passe quasiment inaperçue (60 000 exemplaires vendus[réf. nécessaire]). Aux yeux des médias et même de leur propre maison de disque, Indochine est ringard et n'a plus d'avenir. Principalement composé par les frères Sirkis avec l'aide d'Alexandre Azaria (guitariste) et de Jean-Pierre Pilot (claviériste), l'album a une tonalité plus "pop" que le précédent et semble vouloir surfer sur la vague "Brit Pop" qui sévit alors au Royaume Uni. Bien que les textes de Nicola restent fidèles à l'univers d'Indochine, une touche nouvelle apparaît, une sorte de "fausse naïveté adolescente". Cet album sera la première pierre de la résurrection du groupe.
Au cours de l'année 1997, Indochine est remercié par leur maison de disque BMG qui ne les trouve plus assez vendeurs.
Le salut vient de la scène qu'Indochine arpente depuis 17 ans : le Wax Tour remplit de nombreuses salles. Au mois de mai, ils enregistrent dans une ambiance survoltée le concert donné à Bruxelles à l'Ancienne Belgique, qui sortira quelque mois plus tard sous la forme d'un double CD intitulé Indo-Live et édité par le label de TF1, Une Music. Grâce à l'appui d'une campagne publicitaire sur la première chaine européenne, le grand public s'aperçoit qu'Indochine existe toujours et le CD live s'écoule à 300 000 exemplaires.Le renouveau médiatique a débuté.
Au sein de la formation, Alexandre Azaria est remplacé par Boris Jardel. En 1998, au vu de la réussite d' Indo-Live, Indochine décide de poursuivre sa série de concerts et entame le Live tour, qui attire un public de plus en plus nombreux.
1999 : Dancetaria
Pour le nouvel album, Nicola fait appel, pour les arrangements, à Olivier Gérard (alias Oli de Sat), un fan du groupe qui s'est fait connaître en lui envoyant ses remix. Il entrevoit en effet, dans ce que lui propose Oli, de quoi faire évoluer, voire révolutionner, le son du groupe. Les compositions restent néanmoins l'œuvre de Jean-Pierre Pilot et des frères Sirkis.
Le samedi 27 février 1999, alors que l'enregistrement de l'album Dancetaria vient de commencer, Stéphane meurt d'une hépatite foudroyante. Nicola décide alors de continuer : « Indochine vivra » dit-il, comme Stéphane le souhaitait. La sortie du CD sera retardée pour éviter une médiatisation morbide.
Dancetaria sort dans les bacs en août 1999 : album sombre aux accents pop, glam et gothique, il bénéficie des arrangements modernes et des trouvailles sonores d'Oli de Sat et compte-tenu des circonstances dans lesquelles il fut composé et écrit, il sonne aujourd'hui comme un hommage à Stéphane avec des chansons comme She Night ou Atomic Sky.
L'album est vite propulsé dans la première partie du Top Album. Indochine repart à travers la France pour un Tour 99 riche en émotions. Il sera le second acte, et certainement le plus important, de la trilogie qui ramènera le groupe au devant de la scène. Près de 120 000 exemplaires sont vendus par le simple bouche à oreille, le groupe étant toujours très peu médiatisé. À la fin de l'année 1999, Indochine enchaîne les tournées. Deux dates sont à retenir : celle du concert à Forest National (Belgique) et celle du Zénith de Paris.
En 2000, le Dancetaria Tour reprend et le dimanche 27 février, un concert est donné en mémoire de Stéphane. On peut y entendre plusieurs chansons écrites par ce dernier mais aussi des chansons inédites et des morceaux acoustiques. De là naît l'idée des Nuits Intimes, une tournée acoustique dans de petites salles. L'album acoustique des Nuits intimes sort début 2001.
C'est également en 2000 que la maison d'édition BMG fait paraître la compilation Génération Indochine sans l'accord du groupe. Nicolas Sirkis, Dominique Nicolas et Dimitri Bodianski ont assigné en référé la maison de disques devant le tribunal des prud'hommes, et demandé l'interdiction de la commercialisation du disque[9], qu'ils ont obtenue.